ÉDITIONS INTERNATIONALES

[2]
Current Trends in Cellular Automata and Automata Networks
E. Formenti, S. Sené & G. Theyssier
Natural Computing, volume 22 numéro 3, 2023
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[1]
Automata Networks and Their Applications
E. Formenti & S. Sené
Natural Computing, volume 19, numéro 1, 2020
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CHAPITRES D'OUVRAGE INTERNATIONAL

[2]
Boolean networks and their dynamics: the impact of updates
L. Paulevé & S. Sené
Systems biology modelling and analysis: formal bioinformatics methods and tools, 173-250, 2022.
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[1]
On Boolean automata isolated cycles and tangential double-cycles dynamics
J. Demongeot, T. Melliti, M. Noual, D. Regnault S. Sené
Automata and complexity, Springer Series on Emergence, Complexity, Computation, 42:145-172, Springer, 2022.
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JOURNAUX INTERNATIONAUX

[15]
Representation of gene regulation networks by hypothesis logic based Boolean systems
P. Siegel, A. Doncescu, V. Risch & S. Sené
Journal of Supercomputing, 79:4556-4581, 2023
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[14]
On Boolean automata networks (de)composition
K. Perrot, P. Perrotin & S. Sené
Fundamenta Informaticae, 181:163-188, 2021
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[13]
Attractor landscapes in Boolean networks with firing memory
E. Goles, F. Lobos, G. A. Ruz & S. Sené
Natural Computing, 19:295-319, 2020
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[12]
About block-parallel Boolean networks: a position paper
J. Demongeot & S. Sené
Natural Computing, 19:5-13, 2020
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[11]
Phase transitions in stochastic non-linear threshold Boolean automata networks on ZxZ: the boundary impact
J. Demongeot & S. Sené
Advances in Applied Mathematics, 98:77-99, 2018
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[10]
Synchronism vs asynchronism in monotonic Boolean automata networks
M. Noual & S. Sené
Natural Computing, 17:393-402, 2018
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[9]
About non-monotony in Boolean automata networks
M. Noual, D. Regnault & S. Sené
Theoretical Computer Science, 504: 12-25, 2013
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[8]
Combinatorics of Boolean automata circuits dynamics
J. Demongeot, M. Noual & S. Sené
Discrete Applied Mathematics, 160(4-5): 398-415, 2012
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[7]
"Immunetworks", intersecting circuits and dynamics
J. Demongeot, A. Elena, M. Noual, S. Sené & F. Thuderoz
Journal of Theoretical Biology, 280(1): 16-33, 2011
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[6]
Attraction basins as gauges of the robustness against boundary conditions in biological complex systems
J. Demongeot, E. Goles, M. Morvan, M. Noual & S. Sené
PLoS One, 5(8): e11793, 2010
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[5]
Micro-RNAs: viral genome and robustness of gene expression in the host
J. Demongeot, E. Drouet, A. Elena, A. Moreira, Y. Rechoum & S. Sené
Philosophical Transactions of the Royal Society A, 367: 4941-4965, 2009
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[4]
Robustness in regulatory interaction networks. A generic approach with applications at different levels: physiologic, metabolic and genetic
J. Demongeot, H. Ben Amor, A. Elena, P. Gillois, M. Noual & S. Sené
International Journal of Molecular Sciences, 10(10): 4437-4473, 2009
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[3]
Boundary conditions and phase transitions in neural networks. Theoretical results
J. Demongeot, C. Jézéquel & S. Sené
Neural Networks, 21(7): 971-979, 2008
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[2]
Boundary conditions and phase transitions in neural networks. Simulation results
J. Demongeot & S. Sené
Neural Networks, 21(7): 962-970, 2008
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[1]
Robustness in regulatory networks: a multi-disciplinary approach
J. Demongeot, A. Elena & S. Sené
Acta Biotheoretica, 56(1-2): 27-49, 2008
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COMMUNICATIONS INTERNATIONALES AVEC ACTES ET COMITÉ DE LECTURE

[31]
Dynamical stability of threshold networks over undirected signed graphs
E. Goles, P. Montealegre, M. Ríos-Wilson & S. Sené
Soumis, 2024
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[30]
Complexity of Boolean automata networks under block-parallel update modes
K. Perrot, S. Sené & L. Tapin
SAND 2024 Proceedings, LIPIcs 292, 19:1-19:19, Schloss Dagstuhl Publishing, 2024
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[29]
Asymptotic (a)synchronism sensitivity and complexity of elementary cellular automata
I. Donoso Leiva, E. Goles, M. Ríos-Wilson & S. Sené
LATIN 2024 Proceedings, LNCS 14579, 272-286, Springer, 2024
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[28]
Combinatorics of block-parallel automata networks
K. Perrot, S. Sené & Léah Tapin
SOFSEM 2024 Proceedings, LNCS 14519, 442-455, Springer, 2024
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[27]
Turning block-sequential automata networks into smaller parallel networks with isomorphic limit dynamics
P. Perrotin & S. Sené
CiE 2023 Proceedings, LNCS 13967, 214-228, Springer, 2023
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[26]
Representation of Boolean genetic regulatory networks by hypothesis logic
P. Siegel, A. Doncescu, V. Risch & S. Sené
BIOCOMP 2021 Proceedings, Transactions on Computational Science and Computational Intelligence, Springer. À paraître.
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[25]
Non-deterministic updates of Boolean networks
L. Paulevé & S. Sené
AUTOMATA 2021 Proceedings, OASIcs 90, 10:1-10:16, Schloss Dagstuhl Publishing, 2021
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[24]
Optimising attractor computation in Boolean automata networks
K. Perrot, P. Perrotin & S. Sené
LATA 2021 Proceedings, LNCS 12638, 68-80, Springer, 2021
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[23]
Complexity of limit-cycle problems in Boolean networks
F. Bridoux, C. Gaze-Maillot, K. Perrot & S. Sené
SOFSEM 2021 Proceedings, LNCS 12607, 135-146, Springer, 2021
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[22]
On the complexity of acyclic modules in automata networks
K. Perrot, P. Perrotin & S. Sené
TAMC 2020 Proceedings, LNCS 12337, 168-180, Springer, 2020
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[21]
#P-completeness of counting update digraphs, cacti, and series-parallel decomposition method
C. Noûs, K. Perrot, S. Sené & L. Venturini
CiE 2020 Proceedings, LNCS 12098, 326-338, Springer, 2020
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[20]
Towards a Boolean dynamical system representation into a nonmonotonic modal logic
P. Siegel, A. Doncescu, V. Risch & S. Sené
NMR 2018, 53-62, 2018
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[19]
A framework for (de)composing with Boolean automata networks
K. Perrot, P. Perrotin & S. Sené
MCU 2018 Proceedings, LNCS 10881, 121-136, Springer, 2018
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[18]
Reconstruction of Boolean regulatory models of flower development exploiting an evolution strategy
G. Ruz, E. Goles & S. Sené
CEC 2018 Proceedings, 1-8, IEEE Press, 2018
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[17]
On the cost of simulating a parallel Boolean automata network by a block-sequential one
F. Bridoux, P. Guillon, K. Perrot, S. Sené & G. Theyssier
TAMC 2017 Proceedings, LNCS 10185, 112-128, Springer, 2017
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[16]
Asynchronous simulation of Boolean networks by monotone Boolean networks
T. Melliti, D. Regnault, A. Richard & S. Sené
ACRI 2016 Proceedings, LNCS 9863, 182-191, Springer, 2016
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[15]
On the flora of asynchronous locally non-monotonic Boolean automata networks
A. Alcolei, K. Perrot & S. Sené
SASB 2015 Proceedings, ENTCS 326, 3-25, Elsevier, 2016
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[14]
Asynchronous dynamics of Boolean automata double-cycles
T. Melliti, M. Noual, D. Regnault, S. Sené & J. Sobieraj
UCNC 2015 Proceedings, LNCS 9252, 250-262, Springer, 2015
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[13]
On the convergence of Boolean automata networks without negative cycles
T. Melliti, D. Regnault, A. Richard & S. Sené
AUTOMATA 2013 Proceedings, LNCS 8155, 124-138, Springer, 2013
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[12]
Sensitivity to synchronism of Boolean automata networks
M. Noual & S. Sené
Accepté pour présentation à CiE 2013
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[11]
Analysis of modular organisation of interaction networks based on asymptotic dynamics
F. Delaplace, H. Klaudel, T. Melliti & S. Sené
CMSB 2012 Proceedings, LNCS 7605, 148-165, Springer, 2012
Accepté pour présentation à CiE 2012
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[10]
Boolean networks synchronism sensitivity and XOR circulant networks convergence time
M. Noual, D. Regnault & S. Sené
AUTOMATA & JAC 2012 Full Papers Proceedings, EPTCS 90, 37-52, Open Publishing Association, 2012
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[9]
A necessary condition for boundary sensitivity of attractive non-linear stochastic cellular automata in ZxZ
S. Sené
AUTOMATA & JAC 2012 Exploratory Papers Proceedings, 1-10, I3S/RR-2012-04-FR, 2012
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[8]
The singular power of the environment on stochastic nonlinear threshold Boolean automata networks
J. Demongeot & S. Sené
CMSB 2011 Proceedings, 55-64, ACM Press, 2011
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[7]
Random Boolean networks and attractors of their intersecting circuits
J. Demongeot, A. Elena, M. Noual & S. Sené
WAINA 2011 Proceedings, 483-487, IEEE Press, 2011
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[6]
On the number of attractors of positive and negative Boolean automata circuits
J. Demongeot, M. Noual & S. Sené
WAINA 2010 Proceedings, 782-789, IEEE Press, 2010
lien officiel, lien preprint, bibtex

[5]
Loss of linearity and symmetrisation in regulatory networks
J. Demongeot, E. Goles & S. Sené
WAINA 2009 Proceedings, 908-913, IEEE Press, 2009
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[4]
Structural sensitivity of neural and genetic networks
H. Ben Amor, J. Demongeot & S. Sené
MICAI 2008 Proceedings, LNCS 5317, 973-986, Springer, 2008
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[3]
Robustness of dynamical systems attraction basins against state perturbations: theoretical protocol and application in systems biology
J. Demongeot, M. Morvan & S. Sené
CISIS 2008 Proceedings, 675-681, IEEE Press, 2008
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[2]
Impact of fixed boundary conditions on the basins of attraction in the flower's morphogenesis of Arabidopsis thaliana
J. Demongeot, M. Morvan & S. Sené
AINAW 2008 Proceedings, 782-789, IEEE Press, 2008
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[1]
A distributed trust diffusion protocol for ad hoc networks
M. Morvan & S. Sené
ICWMC 2006 Proceedings, 87-92, IEEE Press, 2006
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ÉDITIONS NATIONALES

[1]
Automates cellulaires et réseaux d'automates: le rôle central de l'irrégularité
N. Fatès & S. Sené
Technique et Science Informatiques, Lavoisier, vol 34/4, 2015
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CHAPITRES D'OUVRAGE NATIONAL

[1]
Méthodes informatiques en biologie
G. Barlovatz-Meimon & S. Sené
Culture de cellules animales (3e édition), Lavoisier, 2014
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JOURNAUX NATIONAUX

[2]
Les réseaux d'automates booléens au cœur du calcul naturel
K. Perrot & S. Sené
1024 - Bulletin de la Société informatique de France, 20: 171-182, 2022
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[1]
Cycles, double-cycles et modes de mise à jour
T. Melliti, M. Noual, D. Regnault & S. Sené
Technique et Science Informatiques, 34: 401-430, 2015
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COMMUNICATIONS NATIONALES AVEC ACTES ET COMITÉ DE LECTURE

[3]
Modal hypothesis logic, Boolean dynamical systems and genetic networks
P. Siegel, A. Doncescu, V. Risch & S. Sené
JIAF 2020 Proceedings, 43-52, 2020
official link, preprint link, bibtex

[2]
Représentation des systèmes dynamiques discrets boolèens en logique des hypothèses
P. Siegel, A. Doncescu, V. Risch & S. Sené
JIAF 2017 Proceedings, 1-14, 2017
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[1]
Fixed boundaries influence in biological networks: from theory to application
J. Demongeot, M. Morvan & S. Sené
JOBIM 2008 Proceedings, 111-116, 2008
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THÈSES

[3]
Sur la bio-informatique des réseaux d'automates
Thèse d'habilitation à diriger des recherches, Université d'Évry - Val d'Essonne, 2012
lien, bibtex

[2]
Influence des conditions de bord dans les réseaux d'automates booléens à seuil et application à la biologie
Thèse de doctorat, Université Grenoble 1 - Joseph Fourier, 2008
lien, bibtex

[1]
Modèle de diffusion de la confiance pour les réseaux ad hoc
Thèse de Master, École normale supérieure de Lyon, 2005
lien, bibtex

RAPPORTS DE RECHERCHE

[4]
Rapport final du projet ECOS Sud C16E01
S. Sené
link

[3]
Towards a theory of modelling with Boolean automata networks - I. Theorisation and observations
M. Noual & S. Sené
arXiv:1111.2077, 2011
lien

[2]
Rapport final de l'ACI Knowledge authentication ambient (KAA)
S. Galice, V. Legrand, F. Le Mouël, M. Minier, S. Ubéda, M. Morvan, S. Sené, L. Guihery, A. Rabagny, J. Moret-Bailly, J.-P. Neuville, J. Pousin
lien

[1]
Le modèle des piles de sable sur une grille bi-dimensionnelle
Rapport de Master 1, Université Paris 7 - Denis Diderot, 2004
lien

POSTERS

[3]
Influence des conditions de bords dans les réseaux biologiques
S. Sené
lien

[2]
Instabilités structurelles et analyses temporo-spatiales en biologie
S. Sené
lien

[1]
Trudi: a trust diffusion protocol for ad hoc networks
S. Sené
lien


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